発生状況が特定できていないのですが、以下のような大量or大容量のファイルをZIPで圧縮すると、出来上がったZIPが破損して読み込めないようです。

・大量のファイル（６０００ファイル程度）
・大容量のファイル（圧縮後に４ＧＢを超える場合？？、圧縮前のサイズが４ＧＢを超える場合？）
（どっちが原因か特定できていません）

ちょっと時間が取れず、発生状況を再現できるレベルまで確認できていないのですが、ZIPで大容量ファイルの圧縮で検索するとよく見つかる４ＧＢ以上のファイルサイズの制限に引っかかった時と状況が似ているように思われます。
あいまいな状況でのご報告で申し訳ないのですが、ご確認いただければと思います。

> 発生状況が特定できていないのですが、以下のような大量or大容量のファイルをZIPで圧縮すると、出来上がったZIPが破損して読み込めないようです。
>
> ・大量のファイル（６０００ファイル程度）
> ・大容量のファイル（圧縮後に４ＧＢを超える場合？？、圧縮前のサイズが４ＧＢを超える場合？）
> （どっちが原因か特定できていません）

諸事情により返答遅くなり失礼しました。

2.0.1はバグがかなり入っているので、こちらをお試しいただければと思います。
hhttps://github.com/Claybird/lhaforge/releases/tag/alpha_20250113

↑を使用して、「圧縮後に４ＧＢを超える＆圧縮前のサイズが４ＧＢを超える」のパターンで試しましたが、問題なくzipができました。
6000ファイル程度、のところまでは試せていませんが、このバージョンで修正できていることを期待します。