exeファイルを自己解凍設定で圧縮しようとすると、exeファイルを置いているディレクトリと、自己解凍ファイルを作るディレクトリが一致した場合、以下のエラーが出ます。

'(ファイルのディレクトリ及びファイル名)'は入力ファイルと同じ名前です。別の名前を指定してください。

元のexeファイルと自己解凍ファイルのファイル名が一致したために起きるエラーであり、おそらく仕様だと思いますが、念のため報告します。

> exeファイルを自己解凍設定で圧縮しようとすると、exeファイルを置いているディレクトリと、自己解凍ファイルを作るディレクトリが一致した場合、以下のエラーが出ます。

はい、これはご推察の通り仕様です。

出力先が元ファイルと同じ名前になった場合、そのまま処理を続けると、圧縮を始める前に元ファイルが消えてしまいます。
これを避けるため、エラーチェックを行っています。